鳴人和佩恩對(duì)打，佩恩被擊倒，但是本體不在這里，鳴人去尋找長(zhǎng)門，長(zhǎng)門最終改過(guò)自新，利用輪回天生之術(shù)復(fù)活了木葉的人們。

在389話中，最后一個(gè)佩因也被鳴人打倒了。鳴人利用佩因身上的查克拉接收器找到了長(zhǎng)門，自來(lái)也的兩個(gè)弟子終于見面了。在見到長(zhǎng)門的那一刻，鳴人始終無(wú)法原諒長(zhǎng)門對(duì)自己村子犯下的罪過(guò)，另外，他想知道同為自來(lái)也的徒弟，長(zhǎng)門為何會(huì)殘忍的殺害木葉的人們，究竟是怎樣的過(guò)去使長(zhǎng)門扭曲了自來(lái)也的信仰。

原來(lái)，在長(zhǎng)門還是個(gè)孩子的時(shí)候，雨隱村被卷入大國(guó)之間的戰(zhàn)爭(zhēng)中，長(zhǎng)門的父母被木葉的忍者誤殺了，從此后，長(zhǎng)門走上了漂泊的道路。不久，他遇見了小南和彌彥，三人加一只狗開始靠偷東西維持生活。在生活如此窘迫的時(shí)候，彌彥依舊對(duì)未來(lái)充滿希望，他希望有一天能征服世界。終于有一天，和他們相依為命的小狗死了，而后他們開始追尋木葉三忍。

但是，彌彥死后，長(zhǎng)門代替彌彥成為了組織的首領(lǐng)，為了他們的目標(biāo)，組織的成員接二連三的死去了，長(zhǎng)門認(rèn)為只要人存在，憎恨是不會(huì)消除的，自來(lái)也的想法根本就不切實(shí)際。在聽完長(zhǎng)門的故事，鳴人表示雖然理解長(zhǎng)門的行為可還是無(wú)法原諒他的罪過(guò)。不過(guò)，自己是自來(lái)也的徒弟，自來(lái)也將希望寄托于他的身上，他就要相信自來(lái)也所相信的東西。得知站在他面前的人名叫鳴人，看到鳴人的決心，長(zhǎng)門做了一個(gè)令人震驚的決定。

長(zhǎng)門用盡自己的查克拉，將整個(gè)木葉陣亡于此次戰(zhàn)爭(zhēng)中的人們復(fù)活了，可長(zhǎng)門卻因此死去了，小南將長(zhǎng)門和彌彥的遺體帶走，并決定脫離曉組織，臨走前，小南表示自己會(huì)相信鳴人，和鳴人一起追逐長(zhǎng)門同彌彥的夢(mèng)想，希望鳴人能開出永不凋謝的花。鳴人拜別了師父，終于回到了村子，現(xiàn)在的鳴人終于得到了全村人們的認(rèn)同。